西南大学科学中心为独立设置的学校二级管理服务机构，统筹推进中心的建设与运行管理。下设综合事务部、运行管理部、科技发展部等相关业务科室（部），负责科学中心管理运行的具体事务。
西南大学科学中心成立学术委员会，负责中心学术事务，主要对科学中心科学技术目标、发展方向、建设内容等提供科技战略咨询与专业指导，评议科学中心建设计划、运行和利用情况等。
西南大学科学中心根据发展需要下设若干前沿研究中心；组建独立的转移转化中心，作为实体平台机构，引入社会资本，构建营运主体，通过成果转移转化对接市场需求，促进科技成果产业化。
